用途
eGAlignは、アミノ酸、塩基配列のアライメント解析ソフトウェアです。
- 塩基、アミノ酸多重配列の編集（手動アライメント）とMS-Word出力
- 塩基、アミノ酸配列のマルチプルアライメント解析
- アライメント解析結果のスコア値による評価と再編集
- タンパク質立体構造表示
- ホモロジーモデリング計算プログラムModeller用の入力ファイル作成と実行
表示例
- 複数のアミノ酸配列でマルチプルアライメントした結果表示と、その系統樹(UPGMA法)と、既知のタンパク質立体構造を同時に表示した例です。
- 既知のタンパク質立体構造は、複数のアミノ酸配列中の一配列に対してPDBファイルを読み込ませることによってユーザが指定できます。
- アライメント表示で残基（保存残基など）を指定すると、指定した残基が色付きで立体構造上に表示できます。
- 表示したタンパク質の立体構造は、通常のタンパク質立体構造Viewerと同じ機能（拡大、縮小、回転など）を持ち、空間充填表現やリボン表現なども可能です。
動作環境
| 機種・OS | Windows7が動作する機種 |
|---|---|
| 必要メモリ | 256MB(512MB以上推奨) |
| 価格 | お問い合わせください。 カタログ小 カタログ大 |
| お問い合わせ先 | 株式会社情報数理バイオ 営業部 〒170-0013 東京都豊島区東池袋4-21-1 アウルタワー6F TEL: 03-6907-0315 FAX: 03-6907-0316 e-mail: info@imsbio.co.jp |
機能
アミノ酸、塩基配列データの編集
- FASTA形式でファイル保存された複数のアミノ酸、塩基配列を読み込み編集できます。主な編集機能は、ギャップの挿入・削除、前方・後方シフトです。
- ギャップの挿入・削除や前方・後方シフトは簡単なマウス操作で、１残基、複数残基、１カラム（縦列）全部の編集が可能です。指定したカラム（縦列）を固定して編集することも可能です。
- コンセンサス（一致）カラムを自動的に表示します。その閾値の設定ができます。
- 残基をユーザの指定したフォントや色（文字色・背景色）で表示できます。
- マルチプルアライメントの表示画面を、縦２分割にして表示・編集できます。
- アライメント表示の色指定が可能で、指定した残基に下線が書け、MS-Word形式出力ができます。
マルチプルアライメント解析
- ３通りの解析手法でマルチプルアライメント解析が可能です。
- ３通りとは、ツリーベース(Tree-base)法、ツリーベース・ラウンドロビン(Tree-based Round-robin)法、ツリーベース・ラウンドロビン反復改善(Tree-based Round-robin Iterative)法です。ツリーベース法は、ClustalWやPileUp(GCG)で用いられている方法ですが、ツリーベース・ラウンドロビン法やツリーベース・ラウンドロビン反復改善法は、それらより精度の高いマルチプルアライメント解析が可能です。
- 類似度評価行列（スコア表）として、PAM20、PAM60、PAM120、PAM250、BLOSUM30、BLOSUM40、BLOSUM45、BLOSUM50、BLOSUM62、BLOSUM80の10通りの行列から選択が可能です。
- ３種類のギャップコスト（ギャップ開始、ギャップ延長、ギャップ外側）と、ＤＰ(ダイナミックプログラム)カットオフ率を設定できます。
- マルチプルアライメント解析を行う配列の範囲をマウス操作で指定できます。
- 配列範囲を指定したマルチプルアライメント解析結果を、元の配列に挿入することができます。
- マルチプルアライメント解析結果をスコア値で比較評価できます。
進化系統樹の作成
- マルチプルアライメント解析や手動アライメントの結果配列の進化系統樹が２通りの手法で作図・印刷できます。
- ２通りとは、UPGMA法と近接結合(Neighbor Joining)法です。
タンパク質立体構造表示
- アミノ酸配列のアライメント表示に対応する立体構造データ(PDB)をユーザが指定できます。指定したPDBのタンパク質立体構造表示ができます。
- アミノ酸配列のアライメント表示でユーザが指定した残基を識別するための色をつけて立体構造表示できます。
ホモロジーモデリング計算プログラムModeller用の入力ファイル作成
- ホモロジーモデリング計算プログラムであるModeller(*1)の入力ファイルを作成できます。
(*1)UCSF Sali研究室のホモロジーモデリングプログラム - 作成した入力ファイルを使ってModellerを実行してホモロジーモデリングができます。
(Modellerはライセンスを持つユーザが別途、Windowsに標準インストールすることが必要)